Bestyrelsen for FGU Sydøstjylland består af tolv repræsentanter, der er udpeget af de fem kommuner i institutionens geografiske område, arbejdsgiver- og arbejdstagerorganisationer, de lokale erhvervsuddannelser samt af FGU-institutionens medarbejdere.
Repræsentanterne udpeges i deres personlige egenskab og skal tilsammen have erfaring inden for ungdomsuddannelser, arbejdsmarkedet for ufaglært beskæftigelse samt områder som uddannelsesudvikling, kvalitetssikring, ledelse, organisation og økonomi, herunder vurdering af budgetter og regnskaber.
Som bestyrelse for en selvejende institution er medlemmernes opgave at varetage og repræsentere institutionens interesser. Bestyrelsen har ansvaret for institutionens overordnede ledelse, herunder økonomi, drift og forvaltning af statslige tilskud. Den fastsætter institutionens strategiske retning og er ansvarlig for ansættelse og afskedigelse af institutionens ledelse.
Bestyrelsen vælger sin formand blandt de eksterne medlemmer. Den fastsætter selv sin vedtægt og forretningsorden inden for de rammer, ministeriet har fastsat.
